대한불교조계종 제24교구 본사 선운사(禪雲寺)의 말사이다. 633년(백제 무왕 34) 백제의 승려 혜구두타(惠丘頭陀)가 창건하여 처음에는 소래사(蘇來寺)라고 하였다. 창건 당시에는 대소래사와 소소래사가 있었는데, 지금 남아 있는 내소사는 소소래사이다. 1633년(조선 인조 11) 청민(淸旻)이 대웅전(大雄殿:보물 291)을 지었는데, 그 건축양식이 매우 정교하고 환상적이어서 가히 조선 중기 사찰건축의 대표적 작품이라 할 수 있다. 그 후 1865년(고종 2) 관해(觀海)가 중수하고 만허(萬虛)가 보수한 뒤, 1983년 혜산(慧山)이 중창하여 현재의 가람을 이루었다. 이 밖에도 고려동종(高麗銅鐘:보물 277), 영산회괘불탱(靈山會掛佛幀:보물 1268), 3층석탑(전북유형문화재 124), 설선당(說禪堂)과 요사(전북유형문화재 125) 등 여러 문화재가 있으며, 정문에는 실상사지(實相寺址)에서 이건(移建)한 연래루(蓮來樓)가 있다.

내소사의 유래에 관하여, 일설에는 중국 당(唐)나라 장수 소정방(蘇定方)이 와서 세웠기 때문에 내소(來蘇)라 하였다고도 하나 이는 와전된 것이며, 원래는 소래사(蘇來寺)였음이 《동국여지승람(東國輿地勝覽)》에 기록되어 있고, 최자(崔滋)의 《보한집(補閑集)》에도 고려 인종 때 정지상(鄭知常)이 지은 〈제변산소래사(題邊山蘇來寺〉라는 시가 기록되어 있다. 또 이규보(李奎報)의 《남행일기(南行日記)》에도 소래사라 하였는데, 이것이 언제 내소사로 되었는지는 분명하지 않다

부속암자로는 청련암(靑蓮庵)·지장암(地藏庵)이 있다. 1986년에는 대웅전을 중심으로 반경 500m 일원이 문화재보호구역(전북기념물 78)으로 지정되었다. 일주문(一柱門)부터 천왕문(天王門)에 걸쳐 약 600m에 이르는 전나무 숲길이 유명하다. 전라북도 부안군 진서면 석포리 관음봉(觀音峰:433m) 아래 있는데, 관음봉을 일명 능가산이라고도 하는 까닭에 보통 능가산 내소사로 부르기도 한다.